История кафедры информационных систем берет начало в 1985 году, когда на базе кафедры автоматики и автоматизированных систем управления Семипалатинского технологического института мясной и молочной промышленности была создана кафедра «Прикладной математики и информатики», костяк которой составили выпускники Московских и Новосибирских ВУЗов, кандидаты наук Смагулов С.К., Аукенов Б.М., Абденов А.Ж.
В 1996 году кафедра получает название «Экономическая кибернетика». Одновременно открыта подготовка специалистов по новой для ВУЗов региона специальности «Экономическая кибернетика».
В 2004 году изменяется название кафедры на «Информационные системы». В связи с изменением классификатора специальностей РК кафедра стала вести подготовку студентов по специальности «Информационные системы».
В настоящее время кафедра готовит бакалавров по двум специальностям:
5В070300 – «Информационные системы»
5В090100 – «Организация перевозок, движения и эксплуатация транспорта».
Заведующим кафедрой является Смагулов Серик Канатович, кандидат экономических наук, доцент, член-корреспондент Международной Академии Информатизации, отличник образования РК, выпускник Московского института управления по специальности «Экономическая кибернетика».На кафедре работают выпускники ведущих ВУЗов Казахстана и России.
Кафедра имеет хорошую материально-техническую базу и квалифицированный учебно-преподавательский состав, который позволяет студентам получить профессиональные высококачественные знания и стать специалистами в области информационных технологий, систем и организация перевозок, движения и эксплуатация транспорта.
Подготовка высококвалифицированных специалистов для удовлетворения производственных потребностей страны в квалифицированных кадрах в области информационных систем и организации перевозок путем создания необходимых условий для организации учебного процесса и проведения научно-исследовательских работ.