• Қазақстанның Семей Ертіс өңірінің ежелден бергі бай тарихын танып білу.
• Қазақстанның, Ресейдің, Қытайдың, Моңғолияның шекаралас аймақтары тұрғындарының саяси, экономикалық және мәдени байланыстарының тарихын зерттеу.
• ҚР БҒМ-нің Ш. Уәлиханов атындағы Тарих және этнология, академик А.Марғұлан атындағы археология, Мемлекет тарихы институттарымен, РҒА-ның Сібір бөлімінің Тарих институтымен, Моңғолия Ғылым Академиясының Баян-Өлгий аймағындағы Әлеуметтік-экономикалық зерттеу орталығымен, еліміздің және шетелдердің мұрағат мекемелерімен, мұражайларымен, жетекші жоғары оқу орындарымен тығыз ғылыми-зерттеу байланыстарын ұйымдастыру.

• Аймақ тарихының (Шығыс Қазақстан тарихы) мәселелерін зерттеу.
• Қазақстанның, Ресейдің, Қытайдың, Моңғолияның шекаралас аймақтарының тарихын, саяси, экономикалық және мәдени байланыстарының дамуын зерттеу.
• Қазіргі қоғамдағы әлеуметтік-саяси үрдістерді зерттеу және саралау.
• Тарихи-білім әдістемелері мен технологияларын дамыту.
• Еліміздің және шетелдердің жетекші жоғары оқу орындарының зерттеу орталықтарымен  өзара байланысты күшейту.
• Облыстың мектептерімен тығыз байланысты дамыту.
• Ғылыми-зерттеу жұмыстарының нәтижелерін ғылыми басылымдарда жариялау және баспадан шығару.

Семей қаласының Шәкәрім атындағы мемлекеттік университетінің М.Қозыбаев атындағы тарихи зерттеулер ғылыми орталығы өзінің қызметінде мынандай құжаттарды негізге алады:

• Қазақстан Республикасының Конституциясы;
• Қазақстан Республикасының «Білім туралы» заңы;
• Қазақстан Республикасының «Ғылым туралы» заңы;
• Қазақстан Республикасының 2011-2020 жылдарға арналған Мемлекеттік Білім дамыту бағдарламасы;
• Қазақстан Республикасының Білім және Ғылым министрлігінің және басқа да жоғары дәрежелі мекемелердің нормативті, ұйымдастырушылық және тағайындаушылық құжаттары;
• Семей қаласының Шәкәрім атындағы мемлекеттік университетінің сапа саясаты;
• Университет стандарты «Құрылымдық бөлімшелер жайлы ережелер. Жалпы міндеттер»;
• «Семей қ. Шәкәрім атындағы мемлекттік университеті» ШЖҚ РМК жарғысы;
• Ректордың бұйрықтары, университет Ғылыми Кеңесінің шешімдері;
• МСЖ құжаттары

• Ғылыми-зерттеу жұмыстарын ұйымдастыру.
• Ғылыми-зерттеулердің нәтижелерін көрсететін материалдарды баспаға, апробациялауға және істе қолдануға дайындау.
• Алыс және жақын шетелдердің жетекші мамандарымен байланыс орнату.
• Оқушыларды, студенттерді, магистранттарды, докторанттарды, оқытушыларды және басқа да мамандарды ғылыми зерттеулерге тарту.
• Баспаға дайындалған ғылыми, оқу-әдістемелік және т.б. материалдарды рецензиялау.